عنوانتحقیق و پروژه: کلونینگ توالی کامل ژنوم ویروس موزائیک توتون

خرید این محصول

» :: عنوانتحقیق و پروژه: کلونینگ توالی کامل ژنوم ویروس موزائیک توتون

فهرست مطلب‌ها

عنوان                                                                                                                     صفحه

دوران اول:کلیات تحقیق........................................................................................................ 1

1-1- ویروس موزائیک توتون...............................................................................................1

1-2- خصوصیات فیزیکی ویروس........................................................................................2

1-3- اهمیت ویروس موزائیک توتون....................................................................................2

1-4- اهداف مطالعه...................................................................................................... .......4

دوران دوم: مبانی نظری و پیشینه تحقیق .................................................................................7

2-1-تاریخچه بیماری در آفاق .............................................................................................8

2-2-جزئیات ویروس (خصوصیات فیزیکی)........................................................................9

2-3-نژادهای ویروس.........................................................................................................11

2-4-انتقال و منتشر ویروس ................................................................................................15

2-5-علائم بیماری..............................................................................................................16

2-6-همانندسازی (رونوشت ویروس در سلول میزبان).......................................................17

2-6-1- مکان همانندسازی.................................................................................................18

2-7-ساختار ژنوم و ORF ها و نواحی جز رنج شونده ........................................................18

2-7-1- عملکرد پروتئینهای ویروس...................................................................................20

2-7-1-1- پروتئین پوششی............................................................................................................................20

2-7-1-2- پروتئین 126 و 183 کیلو دالتون........................................................................20

2-7-1-3- پروتئین حرکتی.................................................................................................21

2-8-کنترل بیماری و مقاومت.............................................................................................21

2-9- کارهای انجام شده در خصوص ویروس موزائیک توتون...........................................23

دوران سوم: روش تحقیق ............................................................................................................25

3-1- نمونه برداری......................................................................................................................27

3-2- استخراج RNA..................................................................................................................25

3-2-1- دستورالعمل 1: مراحل استخراج RNA از بافت گیاه با استفاده از کیت.................25

3-3- ساختن cDNA..................................................................................................................26

3-4- آنالیز بیوانفورماتیک و طراحی آغازگرها.........................................................................27

3-4-1- بازیابی توالی ژنوم ویروس موزائیک توتون..........................................................27

3-4-2- همردیفی جدایه های مختلف ویروس به منظور طراحی آغازگرها.........................27

3-4-3- طراحی آغازگرها............................................................................................................................28

3-5- بهینه سازی تکثیر پاره کامل ژنوم ویروس موزائیک توتون با استفاده از آغازگرهای اختصاصی مختلف.....................................................................................................  .......30

3-5-1- واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) حرف استفاده از cDNA ساخته شده و آغازگرهای PSh60 F/R..........................................................................................................................................................30

3-5-2- واکنشNested PCR  حرف آغازگرهای (PSh60F/PSh60R2) حرف استفاده از DNA تکثیر شده باکیتLong................................................................................................................33

3-5-3- واکنش Long PCR با آغازگرهای (PSh60F/PSh60R) با استفاده ازcDNA اولیه و خالص سازی آن از روی ژل..............................................................................................34

3-6-تکثیر قطعه دربرگیرنده پروتئین حرکتی و پروتئین پوششی ویروس حرف آغازگرهای اختصاصی (PSh63F/PSh60R) و (PSh63F/PSh60R2)......................................................35

3-7- خالص سازی و توالی یابی قطعه تکثیر شده...................................................................37

3-7-1- آیین‌نامه 2: : خالص سازی از روی ژل حرف استفاده از کیت کیاژن .......................37

3-8- آنالیز فیلوژنتیکی................................................................................................... ............40

3-8-1- آنالیز توالی نوکلئوتیدی کد کننده پروتئین حرکتی TMV-ir در مقایسه با تاخت اصل TMV-U1 و TMV-Ohio V................................................................................................40

3-8-2- آنالیز توالی آمینواسیدی پروتئین حرکتی TMV-ir باب مقایسه با تاخت نژاد TMV-U1 و TMV-Ohio V....................................................................................................................40

3-8-3- آنالیز توالی نوکلئوتیدی کد کننده پروتئین پوششی TMV-ir باب مقایسه با دو نژاد TMV-U1 و TMV-Ohio V...............................................................................................41

3-8-4- آنالیز توالی نوکلئوتیدی کد کننده پروتئین پوششی در مقایسه حرف 12 جدایه در بانک ژن NCBI....................................................................................................................................41

3-8-5- آنالیز توالی آمینواسیدی پروتئین پوششی در تشبیه با پروتئین پوششی 5 جدایه اعلام شده از ایران ...............................................................................................................42

3-8-6- آنالیز کل توالی تعیین ترتب شده TMV-ir حایز پروتین حرکتی و پوششی ویروس با دیگر توالی ها .....................................................................................................................42

3-8-6-1- تعیین قرابت ژنتیکی قطعه تعیین ترادف شده در مقایسه با 12 جدایه درج شده در بانک ژن ........................................................................................................... .....................42

دوران چهارم: یافته های تحقیق ...................................................................................................43

4-1-آنالیز بیوانفورماتیک و طراحی آغازگرها................................................................................43

4-1-1-بازیابی و تشریح توالی ژنوم ویروس موزائیک توتون.................................................43

4-1-2-همردیفی جدایه های مختلف ویروس و آنالیز فیلوژنتیکی..........................................45

4-1-3-طراحی آغازگرها.......................................................................................................46

4-2- بهینه سازی تکثیر قطعه کامل ژنوم ویروس موزائیک توتون با استعمال از آغازگرهای اختصاصی مختلف ............................................................................................................................48

4-2-1- واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) حرف استعمال از cDNA ساخته شده و آغازگرهای PSh60 F/R...........................................................................................................................48

4-2-2-واکنشNested PCR  با آغازگرهای (PSh60F/PSh60R2) با استفاده از DNA تکثیر شده با عنوانتحقیق و پروژه کلونینگ توالی کامل ژنوم ویروس موزائیکخرید عنوانتحقیق و پروژه دانلود عنوانتحقیق و پروژه

amir چهارشنبه 24 شهریور 1395 ساعت 08:36